نرم افزارهای طراحی و محاسباتی شیمی

مقدمه ای از کتاب نرم افزارهای طراحی و محاسباتی شیمی

سرفصل‌های کتاب نرم افزارهای طراحی و محاسباتی شیمی

فصل اول: نرم‏ افزار کم‏آفیس (ChemOffice)

• 1-1 معرفی نرم ‏افزار کم‌آفیس (ChemOffice)
• 1-1-1 معرفی کلیدهای کاربردی (ChemOffice)
• 1-2 رسم ساختار ساده ‏ي مولکول در (Chem3D Ultra)
• 1-3 محاسبات MOPAC با ChemOffice
• 1-4 طراحی ساختار پیچیده توسط نرم ‏افزار ChemDraw
• 1-5 رسم NMR
• 1-6 محاسبات Chem3D (ویژه‏ي محاسبات QSAR و QSPR)
• 1-7 قرار دادن دو مولکول در کنار هم
• 1-8 ساختن فایل ورودی گوسین
• 1-9 اجرا (RUN) گوسین

فصل دوم: آموزش GaussView و محاسبات گوسین Gaussian

• 2-1 GaussView
• 2-2 تبدیل فایل خروجی گوسین به فایل ورودی گوسین
• 2-3 انواع فایل‏های ورودی
• 2-4 دستورات گوسین
• 2-4-1 opt یا fopt
• 2-4-2 Freq
• 2-4-3 روش‏های تشخیص صحیح بودن جواب‏های دستور Freq
• 2-4-4 خروجی محاسبات فرکانسی
• 2-5 توصیف‏گرهای موجود در دستور Freq
• 2-5-1 انرژی‏ها
• 2-5-2 آنتالپی و انرژی‏های واکنش
• 2-5-3 جرم مولکولی (Molecuar Mass)
• 2-5-4 قطبش‌پذیری (Polaribility)
• 2-5-5 به دست آوردن حالت گذار (TS)
• 2-5-6 راه‏هاي تشخیص صحیح بودن حالت گذار (TS)
• 2-6 دستور prop = potential
• 2-7 محاسبه ‏ي سرعت واکنش
• 2-8 دستور NBO
• 2-8-1 توصیف‏گرها
• 2-8-2 دیاگرام لوئیس
• 2-8-3 E(2)
• 2-9 volume (حجم مولکولی)
• 2-10 دستور NMR
• 2-11 مشاهده‏ ي اندازه و زوایای مولکول
• 2-12 روش‏های مجموعه پایه‏ ي کامل (Complete Basis Set Methods(CBS))
• 2-12-1 انرژی پتانسیل یونیزاسیون (Ionization Potentials)
• 2-12-2 انرژی کشش الکترون (Electron affinity)
• 2-12-3 انرژی کشش پروتون (Poroton affinity)
• 2-12-4 انرژی اتمیزاسیون (Atomization)
• 2-13 scan
• 2-13-1 Scan (فاصله)
• 2-13-2 Scan یک زاویه‏ ي دو وجهی (Dihedral angle)
• 2-14 اوربیتال‏های HOMO و LUMO

فصل سوم: آموزش spartan

• 3-1 نصب نرم‌افزار
• 3-2 آیکون‌ها
• 3-3- رسم مولکول
• 3-3-1 روش ساده رسم مولکول
• 3-4 محاسبات
• 3-4-1 محاسبات IR
• 3-4-2 مشاهده‌ی ارتعاشات فرکانس‌ها
• 3-4-3 محاسبه‌ی NMR
• 3-4-4 مشاهده‌ی طیف NMR
• 3-4-5 محاسبات HOMO و LUMO
• 3-4-6 مشاهده‌ی سطح مولکول

فصل چهارم: نرم ‏افزار AIM

• 4-1 فایل ورودی AIM
• 4-2 روش محاسبه ‏ي نقاط بحرانی
• 4-2-1 ذخیره کردن نتایج محاسبات
• 4-2-2 توصیف‌گرها
• 4-2-3 محاسبه‏ ي اتم‏ها
• 4-3 رسم کانتور

فصل پنجم: آموزش نرم‌افزار VEDA

• 5-1 طیف‌سنجی IR
• 5-1-1 طیف و اثرات مولکولی
• 5-2 تفاوت جذب مولکول‌ها در IR و Raman
• 5-2-1 تأثیر نوع پیوند
• 5-2-2 تأثیر جرم اتم‌ها
• 5-2-3 تأثیر هیبریداسیون
• 5-2-4 تأثیر نوع حرکت
• 5-2-5 تأثیر رزونانس
• 5-3 انواع پیک در IR
• 5-4 نمایش تصویری انواع ارتعاشات کششی (Stretching) و خمشی (Bending)

فصل ششم: خطاهای گوسین

• 6-1 خطای تعداد سیکل
• 6-2 خطای مربوط به رفتن برق
• 6-3 خطای مسیر
• 6-4 خطای انطباق مجموعه پایه BSSE

فصل هفتم: آموزش کاربردی هایپرکم HyperChem

• 7-1 معرفی هایپرکم
• 7-2 طریقه‏ي رسم مولکول
• 7-3 ساخت فایل ورودی گوسین (gjf)

فصل هشتم:گریزی کوتاه به تئوری

• 8-1 پیوند کوالانسی
• 8-2 پیوند داتیو
• 8-3 پیوند هیدروژنی (نوع خاصی از پیوندهای دو قطبی-دوقطبی)
• 8-3-1 فواصل و زوایا
• 8-3-2 طبقه‌بندی پیوندهای هیدروژنی
• 8-3-3 تفاوت پیوند هیدروژن- هیدروژن و پیوند دو هیدروژني
• 8-4 پیوند یونی (الکترووالانسی)
• 8-5 نظریه‏ ي اتم‏ها در مولکول‏ها (AIM)
• 8-5-1 فرضیه‏ ي اتم
• 8-5-2 تعریف هندسه ‏ي فضایی اتم
• 8-5-3 تعریف اتم در نظریه‌ی اتم در مولکول
• 8-5-4 تعریف پیوند
• 8-5-5 تشخیص نوع پیوند با توجه به توصیف‌گرهای AIM
• 8-6 تحلیل اوربیتال پیوندی طبیعی (NBO)
• 8-7 خطای انطباق مجموعه‌ی پایه (BSSE)

ارسال مقاله

• آموزش نصب نرم‌افزار Chem. Office Ultra 2008 11.0 FULL
• آموزش نصب نرم‌افزار Gauss View 5.0
• راهنمای نصب نرم‌افزار HyperChem v.7.0
• جدول مجموعه پایه‌ها
• آشنایی با مؤسسه‌ی اطلاعات علمی و مقالات (ISI)
• آموزش EndNote 7 (نرم‌افزار مدیریت اطلاعات و استنادهای علمی)